Perfil abrangente do genoma mitocondrial do coelho branco da Nova Zelândia (Oryctolagus cuniculus) utilizando a tecnologia de sequenciamento Nanopore

Este estudo teve como objetivo descobrir, identificar e explorar de forma abrangente as características do genoma completo do DNA mitocondrial do coelho branco da Nova Zelândia (Oryctolagus cuniculus). Para isso, utilizou-se DNA genômico (DNAg) extraído do tecido hepático do coelho branco da Nova Zelândia. O DNAg extraído foi rigorosamente avaliado quanto a qualidade e quantidade para garantir a adequação ideal para o enriquecimento do DNA mitocondrial. O processo de sequenciamento foi realizado utilizando a análise de sequenciamento de genoma completo (WGS) com a tecnologia Nanopore, empregando a plataforma GridION da Oxford Nanopore Technologies e ferramentas bioinformáticas. A análise dos dados foi realizada utilizando o software MEGA11 para descobrir possíveis mutações, avaliar a diversidade e a distância genéticas, e visualizar as relações filogenéticas. O genoma do mtDNA do coelho NZW abrange 17.374 pb, com adenina (31,5%) e timina (28,3%) como os nucleotídeos dominantes. A leucina é o aminoácido mais abundante (15,82%), enquanto a cisteína é o menos abundante (0,61%). Os genes do rRNA s e l têm 957 pb e 1.581 pb de comprimento, respectivamente. A região do laço D de 2.000 pb contém dois elementos repetitivos: uma sequência de 20 pb repetida 14 vezes e uma sequência de 153 pb repetida cinco vezes, o que difere do relatado anteriormente em outros genomas de mtDNA de coelho, tornando-se assim uma característica específica e uma descoberta inédita deste estudo.

Palavras-chave:
genoma; MtDNA; NZW; Nanopore; coelho